Несмотря на то, что за основу сюжета взята ситуация из фильма "Тёмный рыцарь: Возрождение легенды", администрация игры не преследует цели дословно пересказать комиксы и кино. Вероятность того, что все сложится альтернативным путем, - довольно велика, поэтому прежде чем ввязаться в игру, хорошенько подумайте.

Поскольку на протяжении всей кинотрилогии прошлое некоторых персонажей не раскрывается, допустимо создание характера и написание анкеты в соответствии с комиксами. Тем не менее, поправка на события, произошедшие в фильме, обязательна. Также здесь могут иметь место весьма неожиданные трактовки.

В сентябре 2011 года, через восемь лет после гибели Харви Дента и относительного затишья в городе вновь накаляется обстановка. Мэр города - Энтони Гарсия, молодой амбициозный деятель, использует Акт Дента в угоду своим интересам. Лидеры преступных группировок, которым была выгодна относительная легализация, один за другим оказываются за решеткой. Недовольство в криминальных кругах нарастает. Бэтмен объявлен вне закона, Готэм остался без защитника.

Пользуясь ситуацией, Талия аль Гул планирует выполнить волю отца. Пока она мастерски играет роль респектабельной молодой леди, в разветвленной сети подземелий обосновываются экстремисты во главе с Бэйном. Лидер анархистской группировки и сообщник Талии намерен повергнуть Готэм в хаос. В этом ему должны помочь заключенные местной тюрьмы и пациенты психиатрической клиники, многие из которых считаются особо опасными. Полиция безуспешно пытается предотвратить надвигающуюся бурю.

В это время в город возвращается бежавший из Аркхэма Джокер. Разгул анархии он воспринимает как удачное стечение обстоятельств и не упускает шанса подлить масла в огонь. Трагические события начинаются с похищения отпечатков пальцев у Брюса Уэйна и взятия заложников на фондовой бирже, продолжаются уличными беспорядками и массовыми погромами.

Будет Готэм разрушен или городу удастся уцелеть, он уже никогда не останется прежним.